OpenFOAM 使用指南
1.概述
1.1 软件信息
简介：OpenFOAM（Open Source Field Operation and Manipulation）是一款用于连续介质力学问题数值计算的开源 C++ 软件工具包，代码遵循 GNU 通用公共许可证。它可以进行数据预处理、后处理和自定义求解器，常用于计算流体力学（CFD）领域。该软件由 OpenFOAM 基金会维护。
可用版本：
| 版本 | 平台 | 处理器 | 模块名 | 使用方式 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|
| 11 | 隐秀 | intel | intel/openfoam/11/intel2023.2_impi | 图形界面、命令 | 使用 intelmpi2023.2 编译 |
| 2406 | 隐秀 | intel | intel/openfoam/v2406/intel2023.2_impi | 图形界面、命令 | 使用 intelmpi2023.2 编译 |
如需使用其它版本，请联系工作人员 ～
1.2 使用步骤
- 数据传输：将计算所需的文件上传到
data目录。 - 软件加载：打开软件中心，找到所需软件并点击
立即使用按钮。 - 任务提交：在弹出的软件参数设置页面，进行参数设置，然后点击
提交按钮提交计算任务。 - 任务查看：计算任务提交之后，会自动跳转到
任务中心，能够对计算任务状态、基本信息进行查看，还能停止计算任务。
2.数据传输
1). 打开文件夹：登录超算系统后，点击桌面上的“文件夹”。
2). 选择集群：选择超算集群，然后打开 data 文件夹，所有文件均须上传到 data 文件夹下。
3). 下载客户端：将鼠标悬浮于 文件传输 按钮之上，随后点击 下载 按钮，把文件传输客户端下载至本地，并予以安装。在客户端安装完毕后，点击 文件传输，会自动打开本地安装好的客户端。
需注意的是，文件传输客户端仅在第一次使用时需要安装，后续使用不必再次安装。 客户端安装指南：cloudtools 客户端下载与安装
4). 文件传输：文件传输客户端打开之后，其左侧呈现的是本地电脑文件夹，而右侧则为超算平台文件夹。鼠标选中文件，然后左右拖曳，即可实现文件的上传与下载。
3. 软件加载
打开桌面上的 软件中心，找到软件 OpenFOAM，点击 立即使用。
如果没找到需要的软件，请联系超算工作人员 ～
4.任务提交
4.1 方式一：图形页面提交
点击 立即使用，随后会弹出软件参数设置界面，按如下流程进行参数设置：
- 选择计算队列。计算队列是由一系列计算节点组成的集合。 其中，带有 expr 后缀的队列属于测试队列，其最多只能使用 2 个节点，且任务最长运行时间仅限 1 小时。没有 expr 后缀的队列为付费用户使用队列，运行时间无限制，节点数限制为 30 个（可根据实际需要进一步提高）。
- 选择工作文件夹。此为待计算算例所在的文件夹。
- 自定义一个任务名，以便对不同任务加以区分。
- 设置计算需要的核数。
- 选择软件版本。
- 输入程序具体的运行命令，如
mpirun -n 6 snappyHexMesh -overwrite -parallel。 - 点击
提交按钮，提交计算任务。
首次使用过后，桌面上会产生软件的快捷模式，后续直接点击这个快捷方式即可打开软件参数设施界面。
4.2 方式二：命令行提交
如何使用命令行登录超算，请参考：命令行登陆超算
1). 将算例上传到 data 文件夹下，并进入算例文件夹
2). 新建脚本 run.sh，输入以下内容：
#! /bin/bash
#SBATCH -p intel_expr
#SBATCH -J openfoam
#SBATCH -n 6
#SBATCH -o job.out
module load intel/openfoam/v2406/intel2023.2_impi
mpirun -n 6 snappyHexMesh -overwrite -parallel
#!/bin/bash，固定内容，不用修改#SBATCH -p intel_expr，向调度系统申请intel_expr队列的计算资源。调整队列名，即更换队列
运行计算任务。
#SBATCH -J openfoam，自定义一个 openfoam 的任务名称，从而对不同任务进行区分#SBATCH -n 6，申请 6 个核#SBATCH -o job.out，程序的运行输出保存在job.out文件，该文件文件名可以随意修改module load intel/openfoam/v2406/intel2023.2_impi，加载软件环境。命令格式为：module load 模块名，其中模块名参考“可用版本”中的模块名，调整成自己需要的版本mpirun -n 6 snappyHexMesh -overwrite -parallel，此为 openfoam 具体的程序运行命令
3). 执行 sbatch run.sh 提交计算任务
5.任务查看
5.1 图形页面查看
通过图形界面提交计算任务后会自动跳转到 任务中心，在任务中心页面能够对计算任务状态、基本信息进行查看，还能停止计算任务。任务中心 页面，也可以通过双击桌面上 任务中心 图标打开。
任务中心 有两个 tab 页面：
- “进行中”：正在运行的任务，或者一分钟内结束任务
- “已完成”：已经结束的任务，一分钟同步一次
计算任务最右侧操作栏的按钮功能可区分为： - 第一个按钮：打开计算任务所在的目录
- 第二个按钮：打开程序输出日志
- 第三个按钮：打开任务详细信息
- 第四个按钮：停止计算任务
5.2 命令行查看
1). 查看计算任务
执行 squeue 查看计算任务状态
[user@login01 tmp]$ squeue
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
3656 intel openfoam user R 0:23 1 qhcn001
JOBID，任务编号ST，任务状态，作业状态包括R（正在运行），PD（正在排队），CG（即将完成），CD（已完成）TIME，运行时间NODES，占用节点（也称服务器，下同）个数NODELIST，占用服务器的编号
2). 查看日志
计算任务运行起来后，执行 tail -f job.out 可 以查看程序的实时输出，执行 Ctrl+C 退出查看
[user@login01 tmp]$ tail -f job.out
Loading intel/openfoam/v2406/intel2023.2_impi
Loading requirement: intel/oneapi/2023.2.0
/*---------------------------------------------------------------------------*\
| ========= | |
| \\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox |
| \\ / O peration | Version: 2406 |
| \\ / A nd | Website: www.openfoam.com |
| \\/ M anipulation | |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
Build : _630d60de3b-20240620 OPENFOAM=2406 version=v2406
Arch : "LSB;label=32;scalar=64"
Exec : snappyHexMesh -overwrite -parallel
Date : Aug 06 2024
Time : 15:07:07
Host : qhcn573
PID : 3228133
I/O : uncollated
Case : /online1/support/zhuangwt/test/openfoam/tutorials/incompressible/simpleFoam/motorBike
nProcs : 6
Hosts :
3). 停止计算任务
执行 scancel 任务号 停止任务。任务号通过 squeue 查询。