Rstudio 使用指南
1. 概述
1.1 软件信息
简介：RStudio 是一款专为 R 语言设计的集成开发环境 (IDE)。相比于 R 自带的环境，RStudio 提供了更加便捷的操作体验。它不仅解决了原环境中的许多不便之处，还具备调试、可视化等功能。 RStudio 支持多种格式和工具，包括：
- 纯 R 脚本
- RMarkdown（脚本文档混排）
- Bookdown（将脚本文档混排成书）
- Shiny（交互式网络应用）
可用版本：
| 版本 | 平台 | 处理器 | 模块名 | 使用方式 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2024.04.2 | 隐秀 | intel | intel/rstudio/2024.04.2 | 平台界面 |
如需使用其它版本，请联系工作人员 ～
1.2 使用步骤
- 数据传输：将计算所需的文件上传到
data目录。 - 软件加载：打开软件中心，找到所需软件并点击
立即使用按钮。 - 任务提交：在弹出的软件参数设置页面，进行参数设置，然后点击
提交按钮提交计算任务。 - 任务查看：计算任务提交之后，会自动跳转到
任务中心，能够对计算任务状态、基本信息进行查看，还能停止计算任务。
2. 数据传输
1). 打开文件夹：登录超算系统后，点击桌面上的“文件夹”。
2). 选择集群：选择超算集群，然后打开 data 文件夹，所有文件均须上传到 data 文件夹下。
3). 下载客户端：将鼠标悬浮于 文件传输 按钮之上，随后点击 下载 按钮，把文件传输客户端下载至本地，并予以安装。在客户端安装完毕后，点击 文件传输，会自动打开本地安装好的客户端。
需注意的是，文件传输客户端仅在第一次使用时需要安装，后续使用不必再次安装。 客户端安装指南：cloudtools 客户端下载与安装
4). 文件传输：文件传输客户端打开之后，其左侧呈现的是本地电脑文件夹，而右侧则为超算平台文件夹。鼠标选中文件，然后左右拖曳，即可实现文件的上传与下载。
3. 软件加载
打开桌面上的 软件中心，找到软件 Rstudio，点击 立即使用。
如果没找到需要的软件，请联系超算工作人员 ～
4. 任务提交
点击 立即使用，随后会弹出软件参数设置界面，按如下流程进行参数设置：
- 选择计算队列。计算队列是由一系列计算节点组成的集合。 其中，带有 expr 后缀的队列属于测试队列，其最多只能使用 2 个节点，且任务最长运行时间仅限 1 小时。没有 expr 后缀的队列为付费用户使用队列，运行时间无限制，节点数限制为 30 个（可根据实际需要进一步提高）。
- 选择工作文件夹。此为待计算算例所在的文件夹。
- 自定义一个任务名，以便对不同任务加以区分。
- 设置计算需要的核数。
- 选择 Rstudio 软件版本。
- 点击
提交按钮，提交计算任务。
首次使用过后，桌面上会产生软件的快捷模式，后续直接点击这个快捷方式即可打开软件参数设施界面。
5. 任务查看
通过图形界面提交计算任务后会自动跳转到 任务中心，在任务中心页面能够对计算任务状态、基本信息进行查看，还能停止计算任务。任务中心 页面，也可以通过双击桌面上 任务中心 图标打开。
任务中心 有两个 tab 页面：
- “进行中”：正在运行的任务，或者一分钟内结束任务
- “已完成”：已经结束的任务，一分钟同步一次
计算任务最右侧操作栏的按钮功能区分为： - 第一个按钮：打开 Rstudio 功能标签页
- 第二个按钮：打开计算任务所在的目录
- 第三个按钮：打开程序输出日志
- 第四个按钮：查看任务详细信息
- 第五个按钮：停止任务
点击第一个按钮，将跳转至 Rstudio 功能标签页
使用完成后，进入云桌面--任务中心，停止任务。